Tuy nhiên, bên cạnh một số cơ sở, doanh nghiệp chuyên sản xuất nước uống đóng chai, đóng bình có uy tín với công nghệ hiện đại và theo đúng qui trình sản xuất như kiểm soát nguồn nước đầu vào phải được kiểm nghiệm đạt theo qui chuẩn 01 năm 2009 của Bộ Y tế về chất lượng nước ăn uống. Nguồn nước đầu vào phải được đi qua một số hệ thống: lọc thô, sục OZON, hệ thống lọc bằng màng thẩm thấu ngược, hệ thống bình lọc OZON, hệ thống diệt khuẩn bằng tia cực tín và cuối cùng qua hệ thống màng lọc vi sinh. Ngoài ra bình chứa tái sử dụng phải được ngâm bằng hóa chất khử trùng, xúc rửa sạch, hong khô, tiệt trùng bằng tia cực tím trước khi chiết rót.

Tuy nhiên, nhiều doanh nghiệp, cơ sở sản xuất nước uống đóng chai đã không nghiêm túc tuân thủ đầy đủ các công đoạn trong quy trình sản xuất nước uống đóng chai cho nên tình trạng ô nhiễm vi sinh vật trong nước uống đóng chai, đóng bình còn nhiều như nhiễm vi khuẩn Colifroms, E. coli, enterococci nhưng thường gặp nhất là Pseudomonas aeruginosa (trực khuẩn mủ xanh) phát triển ở nhiệt độ tối ưu là 37⁰C, dễ dàng phát triển trong môi trường nghèo dinh dưỡng, gây bệnh cơ hội trên người. Có thể gây viêm màng tim, viêm đường hô hấp, viêm phổi, nhiễm trùng đường máu, đường tiết niệu, viêm màng não mủ và áp xe não, viêm tủy xương, viêm tai, gây bệnh hóa sừng ở mắt, nhiễm trùng da...

Do đó, người tiêu dùng khi lựa chọn bất kỳ một loại sản phẩm nước uống đóng chai, đóng bình nào nên tìm đến những cơ sở sản xuất có uy tín, nguồn gốc, sản phẩm phải được kiểm nghiệm đạt theo qui chuẩn 6-1 năm 2010 của Bộ Y tế qui định về kỹ thuật đối với nước khoáng thiên nhiên và nước uống đóng chai nhằm đảm bảo về mặt chất lượng sản phẩm cũng như bảo vệ sức khỏe bản thân và gia đình./.